Podle fytogeografického členění náleží krkonošská květena do oblasti středoevropské lesní květeny (Hercynicum) a společně s Rýchorami patří do podoblasti sudetské flóry (Sudeticum). Květena hercynských pohoří je výrazně chudší ve srovnání s květenou alpských a karpatských pohoří. Krkonoše však představují v tomto směru výjimku, vzhledem ke své významné biogeografické poloze. V minulosti došlo v oblasti Krkonoš k opakovaným setkáním severské, alpské a středoevropské květeny. Druhová rozmanitost květeny Krkonoš je tak nejvyšší ze všech okolních středoevropských pohoří.
Vědci dosud z Krkonoš popsali přes 1 200 druhů cévnatých druhů rostlin, z nichž přibližně 2/3 jsou v Krkonoších původní, 1/3 je nepůvodních. Ty se do Krkonoš dostaly v průběhu různých etap osídlování a využívání pohoří. Mezi význačné skupiny patří endemické druhy (zvonek český, jeřáb sudetský, bedrník obecný skalní, lomikámen pižmový čedičový, ostřice pozdní krkonošská, chrastavec rolní krkonošský a více jak 20 druhů jestřábníků, např. jestřábník draslavý, labský, trubkovitý, krkonošský, černohlavý, černavý, kopisťolistý, kuřička krkonošská, pampeliška krkonošská) a glaciální relikty (všivec krkonošský, ostružiník moruška, lomikámen sněžný, vrba laponská, rašeliník Lindbergův).