Tento princip je patrný již ze samotného názvu směrnice, která soustavu Natura 2000 vyhlašovala – Směrnice Rady č. 92/43/EHS o ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin (dále Směrnice). V jejím textu se jednoznačně píše: „...Cílem této směrnice je přispět k zajištění biologické rozmanitosti prostřednictvím ochrany přírodních stanovišť ...“
Jedná se o odklon od tradičních přístupů ochrany přírody, pro které o bytí či nebytí lesa nebo louky často rozhodovala přítomnost zvláště chráněných druhů. Stále více přírodovědců si totiž uvědomuje, že je to právě ztráta nebo degradace stanovišť, která je hlavní příčinou úbytku rostlinných a živočišných druhů tvořících tato stanoviště, případně je příčinou jejich ohrožení nebo úplného vymizení. Důležité je také uvědomit si, že právě stanoviště představují jakési „sběrníky“ druhové diverzity. Chceme-li tedy uchopit a ovlivnit druhovou pestrost krkonošské přírody jako celku, pak nejpraktičtějším způsobem je ovlivnit kvalitu a rozlohu stanovišť.