Správa KRNAP pečuje o více než 550 km vodních toků s cílem zachování jejich ekologické a krajinářské funkce, vč. geomorfologie říčních údolí a dostatečného průtoku vody.
Mimo jiné zajišťuje péči o břehové porosty, údržbu stávajících hrazenářských opatření, odstraňování dřevní hmoty a štěrkových nánosů v korytech řek, protipovodňovou prevenci.
Posuzuje budování malých vodních elektráren, aby nebylo v konfliktu s jinými oprávněnými zájmy ochrany přírody (geomorfologická, botanická, zoologická nebo krajinářská hlediska).