Das Riesengebirge ist ein bedeutendes Quellgebiet der Tschechischen Republik, welches das Wasserregime des gesamten oberen und mittleren Laufs der Elbe beeinflusst. Die Hauptwasserquelle in den Wasserläufen sind die Regen- und Schneeniederschläge, deren Abfluss über und unter der Erdoberfläche wesentlich durch die Vegetation und die Retentionsfähigkeit der Böden reguliert wird, insbesondere unter den Bergwäldern, die das Gebiet zu 80 % bedecken.
In den letzten beiden Jahrzehnten des 20. Jahrhunderts trat infolge der Immissionsbelastung eine erhebliche Säuerung der Gewässer und der Böden des Riesengebirges ein, was verschiedene, unerwünschte Konsequenzen für die lebende Natur hatte.
Das Flussnetz des Riesengebirges entstand bereits im Tertiär, als die Anhebung des Gebirges um hunderte Meter und eine erhöhte, rückwirkende Erosion der Gebirgsbäche erfolgten. Im Quartär stabilisierte sich das Flussnetz und es erfolgte nur noch eine Vertiefung der Täler in Abhängigkeit vom geologischen und petrografischen Aufbau des Riesengebirges. Die meisten Flüsse des Riesengebirges haben eine lotrechte Richtung zum Hauptkamm, wobei auf tschechischer Seite zahlreiche seitliche Zuflüsse einmünden, während auf der polnischen Seite die steilen und kurzen Hänge und ihre geologische Uniformität die Bildung eines Flussnetzes mit ausgeprägter Gliederung nicht ermöglichten. Die Flussläufe des Riesengebirges haben den Charakter von Gebirgswildbächen mit einem starken Gefälle des Flussbettes, mit einem heftigen Strom und mit erheblichen Schwankungen des Wasserspiegels und der Duchflussmengen. Der Hauptwasserlauf des Riesengebirges ist die Elbe, die von etwa einem Drittel des tschechischen Teils der Berge das Wasser ableitet, wobei zu ihren größeren Zuflüssen in den Bergen die Bäche Medvědí potok, Bílé Labe, Dolský (Svatopetrský) potok gehören. Die Kleine Elbe (Malé Labe) und der Bach Stříbrný potok entwässern den mittleren Teil des Riesengebirges, den östlichen Teil der Fluss Úpa, den westlichen Teil des Riesengebirges entwässert die Jizera (Iser) mit den Zuflüssen Mumlava, Huťský potok und Jizerka.