Záchrana původní biodiverzity je základním předpokladem úspěšné obnovy stability krkonošských lesů. Hlavním nástrojem péče o biodiverzitu je záchrana přírodních a přírodě blízkých ekosystémů a úprava skladby ostatních porostů do stavu přírodě blízkého. Proto je nutná redukce smrku a zvýšení podílu především listnáčů (vč. jilmu, lípy, třešně ptačí), ale i jedle.
O genofond vzácných druhů dřevin (např. jeřáb sudetský (Sorbus sudetica), střemcha skalní (Prunus padus subsp. borealis), některé druhy vrb) pečuje genetická banka Správy KRNAP ve Vrchlabí, která provádí i terénní výsadby s cílem rekonstrukce populací těchto dřevin na některých ohrožených lokalitách.
Záchrana genetické variability lesních dřevin v případě kritického ohrožení jejich dílčích populací se provádí vegetativně (např. záchrana krkonošského smrku řízkováním a hřížením). V horských lesích jsou zakládány genové základny a matečnice s cílem zachránit vybrané ekotypy krkonošských dřevin. Zvláštní pozornost je věnována druhově bohatým botanickým lokalitám v lesních porostech.
Některá opatření jsou prováděna i na podporu biodiverzity živočichů. Například i v lesních porostech 3. zóny a v ochranném pásmu národního parku jsou ponechávány doupné stromy a kmenové zlomy se štěpinami jako vhodné hnízdní možnosti pro ptáky a úkryty pro netopýry. Jsou vyvěšovány ptačí budky, práce na lokalitách s výskytem na zemi hnízdících ptáků jsou pokud možno prováděny v mimohnízdní době, v rámci akce Formica jsou chráněny a stabilizovány ohrožené populace původních druhů mravenců.